鐵皮石斛最好不要冷凍。新鮮的鐵皮石斛貯藏時最主要的是不能密閉。許多人怕新鮮鐵皮石斛失去水分，將鐵皮石斛密閉在塑料袋中，結果導致霉變。

鐵皮石斛放在冰箱之前應該妥善密封，如果能接近真空封存，效果會更好。若無特殊要求，鐵皮石斛應該放置在5℃左右的冷藏柜，不要冷凍，因為各種藥材都含有不同程度的水分，經低溫冷凍后水分結成冰，會對藥材的有效成分造成損傷。鐵皮石斛若需長期保存，可放在一個干凈的玻璃瓶內然后投入適量的文火炒至暗黃的糯米，待涼后放入，將瓶蓋封嚴，擱置在陰涼通風處。